Η μονάδα Κυτταρομετρίας Ροής αποκτήθηκε μόλις πρόσφατα με χορηγία του Ιδρύματος Μποδοσάκη 2011 και αποτελείται από Κυτταρομετρητή Ροής Becton-Dickinson (BD) με 3 Laser, μαζί με το αντίστοιχο υποστηρικτικό λογισμικό. Η Μονάδα είναι λειτουργικά συνδεδεμένη με την Μονάδα Μοριακής Νευροανοσολογίας.

Η Μονάδα Κυτταρομετρίας Ροής παρέχει την δυνατότητα ταυτοποίησης κυττάρων (νευρικών, προγονικών και ώριμων μορφών, φλεγμονωδών κλπ) με ανίχνευση ειδικών δεικτών όπως και ανάλυσης δειγμάτων περιφερικού αίματος ασθενών και πειραματοζώων, μέ εφαρμογή ειδικών πρωτοκόλων. Η μονάδα αυτή αποτελεί πολύτιμο εργαλείο για την παρακολούθηση ασθενών οι οποίοι βρίσκονται υπό ανοσοτροποποιητικές θεραπείες.